Casi el 40% de las plantas endémicas azorianas presenta relaciones filogenéticas con la flora de Madeira y Canarias, destacando algunos árboles como el brezo de Azores (Erica azorica), que muestra una distribución geográfica y ecológica muy amplia (presente en todas las islas, desde la costa hasta los 2.000 metros), siendo pariente del tejo (E. platycodon), bien conocido en Canarias. Aparte de las especies ya mencionadas, como el laurel y el palo blanco de Azores, también pertenecen a este grupo el naranjero salvaje de Azores (Ilex perado ssp. azorica), el follao de Azores (Viburnum tinus ssp. subcordatum), la uva da serra (Vaccinium cylindraceum), relacionada con V. padifolium de Madeira, la hija de Azores y el cedro de Azores. Estas especies arbóreas forman los dos tipos de bosques naturales más importantes del Archipiélago, el bosque de cedro y la laurisilva o monteverde. La última se considera una formación vegetal relíctica ampliamente distribuida en la edad del Terciario (hace más de 5 millones de años) en Europa central y en la cuenca mediterránea, y hoy en día restringida a los archipiélagos de Azores, Madeira y Canarias. Restos de laurisilva en Azores se encuentran actualmente sólo en sitios inaccesibles, como laderas de gran pendiente, acantilados o cráteres de volcanes. También elemento típico de este bosque es la tabaiba arborescente Euphorbia stygiana, estrechamente relacionada con nuestra adelfa de monte (E. longifolia). Por otra parte, el sanguinho (Frangula azorica), de la familia de las rhamnáceas, es uno de los pocos árboles endémicos de Azores y Madeira, aunque en este último archipiélago se considera extinguido. Entre los otros endemismos compartidos con Madeira se encuentran la pequeña crasulácea Aichryson villosum, la asterácea Tolpis succulenta y algunos helechos, mientras que una distribución Azores-Madeira-Canarias la muestran sólo plantas como la morgallana (Ranunculus cortusifolius) y una cyperácea (Carex tumidicarpa ssp. cedercreutzii).
En cuanto a los ambientes boscosos más influenciados por las nieblas, es decir, aquellos situados en cotas superiores, juegan un papel preponderante la llamada conteira (Hedychium gardneranum), que ya aparece desde las zonas bajas con mayor grado de humedad ambiental; la hortensia o flor de mundo (Hydrangea macrophylla), considerada por muchos un símbolo del paisaje vegetal de las Azores, debido a su gran expansión y a la existencia de grandes plantaciones en línea, a modo de “setos vivos” (véase el caso de Faial); el helecho arborescente australiano Sphaeropteris cooperi, que llega a superar los tres metros de altura; o el tojo (Ulex europaeus), que al igual que en la isla de Tenerife, invade amplias zonas de pastizal y brezal. A ellas se suman otras igualmente problemáticas, como la planta sudamericana Gunnera tinctoria y el árbol de Santa María (Clethra arborea) en la isla de Sao Miguel. El caso de este último es particularmente paradójico, ya que se trata de un endemismo madeirense que cubre una superficie significativa en los hábitats forestales de Serra da Tronqueira - Pico da Vara, uno de los últimos reductos de monteverde de cierta entidad que quedan en el conjunto de las Azores.
